En 2003, et de manière souveraine, le gouvernement burkinabè a autorisé les acteurs de la filière coton et la recherche scientifique nationale, à expérimenter le coton transgénique communément appelé « coton OGM » dans le pays.
C’était dans le but de trouver une solution à la forte pression parasitaire dont les conséquences devenaient de plus en plus néfastes, avec à la clé une baisse à répétition de la productivité au champ et des revenus des producteurs.
« Aux termes de huit campagnes d’adoption, le bilan montre que le coton génétiquement modifié a permis un meilleur contrôle des ravageurs et favorisé une bonne protection phytosanitaire du cotonnier. Cependant, force aura été de constater que la variété ainsi génétiquement modifiée a eu des effets non désirés sur certaines caractéristiques technologiques de la fibre. Le cas de figure le plus illustratif est celui relatif à la longueur de la soie (fibre). Les sociétés cotonnières ont en effet constaté que comparativement à la soie produite par le coton conventionnel, celle issue de la variété OGM est plus courte et s’avère moins prisée et moins rémunératrice sur le marché international du coton ».
« A titre illustratif, en 2007/2008, avant la culture à grande échelle du « coton OGM », la grande partie (94%) de la fibre du Burkina avait une longueur moyenne de 28,58 mm. Les fibres dites courtes (26,98 mm) ne représentaient que 6% de la production. Aujourd’hui, avec le « coton OGM », le phénomène s’est inversé avec la majeure partie de la fibre qui mesure quelques fois moins de 26,98 mm, et par conséquent classées dans la catégorie des fibres courtes. Si fait que le Burkina a perdu 1,6 mm environ sur la longueur de la soie. Cette dégradation de longueur n’est pas sans impact sur la commercialisation de la fibre sur le marché mondial ».
« Face à une telle situation dont les conséquences commerciales et financières sont substantielles (perte du label Burkina, de la prime qualité de 20 FCFA/kg de fibre et de la confiance des clients, mévente du coton burkinabè), dont le manque à gagner a été évalué à environ 50 milliards de Francs CFA pour la filière coton, sur les cinq campagnes. L’Association Interprofessionnelle du Coton du Burkina (AICB), qui regroupe la famille des Producteurs de coton (UNPCB) et celle des Sociétés cotonnière (APROCOB), en toute âme et conscience, a donc décidé de suspendre momentanément la culture du « coton OGM » au Burkina Faso à partir de la prochaine campagne agricole. Cette décision sera maintenue jusqu’à ce qu’une solution technique puisse être trouvée par Monsanto ou par tout autre partenaire ». « En tout état de cause, l’AICB, plus que quiconque, est consciente des nouvelles contraintes que ce retour au « tout conventionnel » va imposer aux cotonculteurs ».
« Voilà pourquoi, elle a pris des dispositions idoines pour accompagner les producteurs de coton dans la réussite de ce challenge qui doit être perçu comme un replis temporaire et non comme un abandon définitif du « coton OGM ». Les difficultés liées à la longueur de la soie sont d’ordre technique et devraient être résorbées à terme, avec l’implication de Monsanto et le concours de la Recherche scientifique nationale. C’est dire que ce repli technique momentané est la décision qui convient dans le contexte actuel, si l’on veut sauver cette filière qui fait directement vivre plus de quatre millions de personnes au sein des ménages ruraux au Burkina Faso ».